Mae dyluniad strwythurol bag papur yn gofyn am ddewis priodol o ddimensiynau, cyfluniad gwaelod, a strwythur bag yn seiliedig ar natur a gofynion y cynnyrch; mae strwythurau cyffredin yn cynnwys bagiau gyda gwaelod blociau, bagiau ceg agored, a bagiau gwaelod hunan-sefyll. Mae cryfder tynnol a pherfformiad selio yn hanfodol ar gyfer sicrhau cywirdeb y cynnyrch wedi'i becynnu.
Yn seiliedig ar ddeunydd, gellir categoreiddio bagiau papur yn fathau fel bagiau papur kraft, bagiau stoc carden gwyn, a bagiau papur wedi'u gorchuddio (wedi'u lamineiddio). Mae bagiau papur Kraft yn wydn ac yn gallu gwrthsefyll crafiadau, gan eu gwneud yn addas ar gyfer eitemau neu gynhyrchion trymach sydd angen amddiffyniad cadarn. Mae bagiau stoc carden gwyn yn cynnwys arwyneb glân, llyfn ac ansawdd print rhagorol, yn aml yn becynnu ar gyfer nwyddau premiwm. Mae bagiau papur wedi'u gorchuddio yn cynnig ymwrthedd dŵr ac olew, gan eu gwneud yn ddelfrydol ar gyfer pecynnu bwydydd wedi'u ffrio neu eitemau a allai ddod i gysylltiad â hylifau. Gellir dosbarthu bagiau papur Kraft ymhellach trwy eu defnyddio yn totes hyrwyddo, bagiau siopa a bagiau anrhegion.
Mae creu bagiau papur eco-cyfeillgar o ddeunyddiau bioddiraddadwy yn faes allweddol o arloesi mewn dylunio pecynnau papur. Er enghraifft, mae dyluniad patent ar gyfer math newydd o fag papur ecogyfeillgar boglynnog yn ymgorffori stribedi magnetig o fewn yr hem uchaf wedi'i blygu i alluogi selio, tra bod ffilm ddiddos wedi'i gosod ar y tu allan yn gwella ymarferoldeb.